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Sequenziamento microbiologico per le piattaforme PacBio® HiFi long-reads utilizzando la tecnologia della trasposasi con il LongPlex™ Long Fragment Multiplexing Kit
Siamo lieti di annunciare che seqWell, leader globale nelle soluzioni per workflow di library genomiche con frammentazione basata su transposasi e nuovo parter di TEMA RICERCA, ha reso disponibile il LongPlex™ Long Fragment Multiplexing Kit, il primo workflow con frammentazione non meccanica, ottimizzato per il sequenziamento long-reads.
Cosa rende unico il LongPlex Kit?
Il LongPlex Kit è stato progettato per consentire di ottenere un livello di multiplexing superiore, grazie ad un workflow semplificato per la gestione delle librerie enzimatica, ottimizzato per l’uso con sequenziatori HiFi come i sistemi PacBio Revio, Sequel II e VEGA.
La tecnologia LongPlex, basata su transposasi, permette di frammentare e indicizzare i campioni di DNA in modo efficiente, consentendo di raggruppare più campioni in un’unica preparazione di librerie pronte per il sequenziamento, fino a 96 campioni alla volta, senza l’uso di dispositivi meccanici per la frammentazione.
LongPlex™ Long Fragment Multiplexing Kit è mirato ai protocolli che richiedono frammenti inferiori ai 10kbp e supporta una vasta gamma di applicazioni, tra cui la metagenomica.
I metodi tradizionali di preparazione delle libraries, che si basano sulla frammentazione meccanica del DNA per generare long-reads, possono essere processi lunghi, diventando tal volta un collo di bottiglia per progetti ad alta capacità di elaborazione senza l’equipaggiamento di automazione adeguato.
Il LongPlex Long Fragment Multiplexing Kit utilizza una strategia di tagmentazione basata su piastre per frammentare e barcodare simultaneamente il gDNA, generando pool multiplexati di frammenti di DNA da 8 – 10 kb (media) che eliminano la necessità di frammentazione meccanica.
I pool LongPlex vengono poi preparati tramite la preparazione standard delle libreries SMRTbell per il sequenziamento sui sistemi PacBio HiFi. Inoltre, gli adapter PacBio SMRTbell possono essere aggiunti ai pool LongPlex per abilitare l’indicizzazione combinatoria, aumentando ulteriormente la capacità di elaborazione e riducendo i costi complessivi di sequenziamento per campione. Sul sistema PacBio Revio, è possibile multiplexare fino a 384 campioni microbici su una singola SMRT® Cell, e fino a 1.536 (384 x 4) per corsa di sequenziamento.